Ds. Goedhart ging in 1991 met emeritaat. Hij was diverse keren synodelid en schreef jarenlang voor de Gereformeerde Kerkbode voor de drie noordelijke provincies. Van hem verschenen verschillende boeken met Schriftoverdenkingen (zoals Duisternis of Dageraad uit 1969) en over recente vrijgemaakt-gereformeerde kerkgeschiedenis (onder andere Bewaard bij het Woord uit 1977). Het afgelopen decennium toonde ds. Goedhart zich ernstig verontrust over ontwikkelingen in zijn kerken en besluiten van de generale synode.
In 2004 gaf hij daarover in eigen beheer een brochure uit, Zich vergissende synoden. Daarin ging hij vooral in op de relatie tussen het vierde gebod en de sabbatsrust, een aangelegen onderwerp binnen het kerkverband.
